Tres razones por las que puede fallar un script perl en cgi-bin

Si al ejecutar un script de perl en apache le da un error 500 : Internal
Server Error or en el log algo como: Premature end of script headers:
FormMail.pl

Se puede revisar en tres pasos
1.- chequear la sintaxis de script
perl -c FormMail.pl

2.- darle permisos de ejecucion
chmod 775 FormMail.pl

3.- asegurarse de que la primera salida de texto sea :
print «Content-Type: text/html\n\n»;

UPDATE:
Me he encontrado un caso reciente en el que teniendo asignado RlimitCpu o RlimitMemory directamente genera el error y no muestra nada en los logs. Así que es recomendable desactivarlo temporalmente, así como mod_rewrite por si hubiera algún problema con las rutas.